La matematica delle proteine: introduzione alla Molecular Dynamics

Nell’ultimo decennio la biologia strutturale ha assistito ad una accelerazione molto marcata. Grazie a notevoli passi avanti nella crio-microscopia elettronica (cryoEM) e nella cristallografia a raggi X, è divenuto possibile misurare sperimentalmente la struttura a risoluzione near-atomic (dell’ordine dei 3Å) di moltissime proteine precedentemente ritenute inaccessibili. Di conseguenza, si è reso necessario lo sviluppo di metodologie bioinformatiche in grado di simulare il comportamento di tali strutture macromolecolari, al fine di prevedere in silico fenomeni complessi quali l’interazione farmaco-recettore, attivazioni enzimatiche, oligomerizzazioni e formazione di fibrille. È a questo proposito che nasce la Molecular Dynamics (MD), una famiglia di metodologie bioinformatiche volte a simulare le diverse forze d’interazione interatomiche per seguire l’evoluzione nel tempo delle strutture macromolecolari. Tale tecnica ha aperto possibilità sconfinate alla drug discovery, ed è pertanto di grande attualità. 

Le indicazioni per seguire la diretta sono disponibili nella locandina allegata.